Vereinfacht gesagt: Man braucht es, um Java-Programme auszuführen. Wenn kein Programm meckert, dass es das braucht, dann brauchst du es auch nicht.
Es macht also das System nicht kaputt, wenn du es deinstallierst. Nur laufen dann Programme, die es benötigen, nicht mehr.
Es ist auch nicht sonderlich "böse". Man kann es prinzipell drauf lassen. Der Java Updater versucht aber immer für irgendwelche Toolbars zu werben. Updates braucht man, weil es wie jede Software Sicherheitslücken hat, die gestopft werden müssen. Bei Windows kocht da jedes Programm beim Update seine eigene Suppe.