Würde in den Energieoptionen mal mit den Festplatten rumspielen.
Entweder die vertragen die temporäre abschaltung nicht das die dann rum zicken oder das Mainboard ist nicht ganz ACPI konform und holt die HDD´s nicht sauber aus dem Standby.
Bios Update durchführen und schauen obs für die HDD´s ne neue Firmeware gibt.
Am OS sollte es eigentlich nicht liegen wobei ich dein Argument von normal ultimate zu system builder ultimate nicht ganz verstehe Oo Ist eh das selbe nur das der SB Version noch ne zusatz CD/DVD beiliegt für keine ahnung was