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Vector<String> strings; // die drei Werte
StringBuffer newFileContent = new StringBuffer(); // Inhalt der Ausgabedatei
File txtFile = new File("blablubb.txt"); // Eingabedatei
BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(txtFile));
String line = br.readLine(); // erste Zeile lesen
while (line != null) // Datei noch nicht zu Ende
{
  newFileContent.add(line);

  if (map.get(line) != null) // Schlüssel aus Datei auch in Map => Werte hinzufügen
  {
    strings = map.get(line);
    newFileContent.add(";" + strings.get(0) + ";" + strings.get(1) + ";" + strings.get(2));
    map.remove(line); // Schlüssel war schon eingetragen => muss nicht mehr hinten angefügt werden
  }

  newFileContent.add("\n"); // Zeilenumbruch
  line = br.readLine(); // nächste Zeile
}
Set<String> keys = map.keySet(); // verbleibende Schlüssel
Iterator<String> it = keys.iterator();
String key; // aktueller Schlüssel
while (it.hasNext()) // noch Schlüssel übrig
{
  key = it.next();
  strings = map.get(key);
  newFileContent.add(key + ";" + strings.get(0) + ";" + strings.get(1) + ";" + strings.get(2) + "\n");
}
FileWriter fw = new FileWriter(new File("outputFile.txt"));
fw.write(newFileContent.toString());
fw.flush(); // sofort schreiben (brauchen wir hier nicht unbedingt, sollte man sich aber angewöhnen)
fw.close(); // Datei freigeben (brauchen wir auch nicht, aber auch zum Angewöhnen)